与证券投资基金不同，专户理财业务的收费既不仅包括固定的管理费、托管费，通常还包括业绩提成，二者可以并行收取。《基金管理公司特定客户资产管理业务试点办法》规定，特定资产管理业务的管理费率、托管费率不得低于同类型或相似类型投资目标和投资策略的证券投资基金管理费率、托管费率的60%。资产管理人可以与资产委托人约定，根据委托财产的管理情况提取适当的业绩报酬。在一个委托投资期间内，业绩报酬的提取比例不得高于所管理资产在该期间净收益的20%。固定管理费用和业绩报酬可以并行收取。另外，参与（认购）费、退出费也是专户理财的常见费用。有些产品还会有其他的费用，如投顾费、客户服务费等。